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旨在提供对公开可用的癌症组学数据（TCGA、HPA、CPTAC、GEO、TISCH、Depmap等数据库）的轻松访问，允许用户识别生物标志物或对潜在目标基因进行计算机验证，提供描绘蛋白质编码、miRNA编码和lincRNA编码基因的表达谱和患者生存信息的图表和图谱，通过启动子甲基化评估基因表达的表观遗传调控，进行泛癌基因表达分析，提供临床蛋白质组学联盟数据分析，包括总蛋白/磷酸化蛋白，这些资源使研究人员能够收集有关感兴趣基因/靶标的宝贵信息和数据

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光 热 生 物 S p a r k l e 光 热 生 物 登 录 主 页 单 基 因 B u l k 多 基 因 B u l k 泛 癌 多 组 学 单 细 胞 测 序 空 间 转 录 组 筛 选 分 析 基 因 机 器 学 习 无 监 督 聚 类 风 险 模 型 孟 德 尔 随 机 化 生 信 工 具 托 管 数 据 文 献 检 索 生 信 强 基 论 坛 光 热 生 物 是 一 个 全 面 的 、 用 户 友 好 的 、 交 互 式 的 网 络 资 源 ， 用 于 分 析 癌 症 组 学 数 据 。 包 括 : 基 因 组 学 、 转 录 组 学 、 蛋 白 质 组 学 、 表 观 遗 传 学 、 单 细 胞 测 序 、 空 间 转 录 组 学 等 。 旨 在 提 供 易 于 访 问 公 开 可 用 的 癌 症 组 学 数 据 ( T C G A , H P A , C P T A C , G E O , T I S C H , D e p M a p 和 其 他 数 据 库 ) ， 允 许 用 户 识 别 生 物 标 志 物 或 执 行 潜 在 目 标 基 因 的 计 算 机 验 证 。 这 些 资 源 使 研 究 人 员 能 够 收 集 有 关 感 兴 趣 的 基 因 / 靶 点 的 有 价 值 的 信 息 和 数 据 。 G e t i n g s t a r t e d b y e x p l o r i n g : 单 基 因 B u l k 多 基 因 B u l k 泛 癌 多 组 学 单 细 胞 测 序 空 间 转 录 组 筛 选 分 析 基 因 机 器 学 习 无 监 督 聚 类 风 险 模 型 孟 德 尔 随 机 化 生 信 工 具 托 管 数 据 文 献 检 索 生 信 强 基 论 坛 C i t e u s ! 文 章 正 在 撰 写 中 如 何 在 肿 瘤 中 研 究 一 个 基 因 ？ 我 们 的 数 据 库 解 答 了 以 下 的 问 题 。 1 . 基 因 在 肿 瘤 中 是 否 表 达 失 调 ， 是 高 表 达 还 是 低 表 达 ， 在 多 个 数 据 库 、 多 个 数 据 集 是 否 表 现 一 致 ？ 2 . 基 因 的 表 达 来 源 于 组 织 中 的 哪 一 个 细 胞 ？ 恶 性 细 胞 ？ 还 是 免 疫 细 胞 ？ 或 是 基 质 细 胞 ？ 全 转 录 组 测 序 、 单 细 胞 测 序 、 空 间 转 录 组 是 否 可 以 相 互 印 证 ？ 3 . 基 因 的 表 达 与 临 床 分 期 或 组 织 学 分 期 是 否 存 在 关 系 ？ 是 否 与 不 良 进 展 相 关 ？ 4 . 基 因 的 表 达 与 临 床 结 局 的 关 系 如 何 ？ 是 危 险 因 素 还 是 保 护 因 素 ？ 与 总 生 存 期 、 疾 病 特 异 性 生 存 期 ， 无 病 生 存 间 隔 ， 无 进 展 生 存 间 隔 的 关 系 ？ 5 . 基 因 的 表 达 可 能 参 与 哪 些 通 路 ？ 与 这 些 通 路 的 明 星 分 子 是 否 存 在 相 关 性 ？ 多 个 基 因 集 、 多 种 算 法 结 果 是 否 一 致 ？ 6 . 基 因 的 表 达 与 肿 瘤 生 长 的 关 系 ？ 敲 除 后 细 胞 系 是 否 生 长 停 滞 或 死 亡 ？ 7 . 基 因 的 表 达 受 哪 些 m i R N A 调 控 ？ 8 . 基 因 的 表 达 受 哪 些 分 子 的 突 变 影 响 ？ 基 因 自 身 突 变 前 后 表 达 是 否 存 在 差 异 ？ 体 细 胞 拷 贝 数 变 异 是 否 影 响 其 表 达 ？ 启 动 子 甲 基 化 水 平 又 是 否 存 在 负 调 控 趋 势 ？ 9 . 基 因 的 表 达 与 染 色 质 可 及 性 的 关 系 ？ 开 放 的 染 色 质 序 列 预 测 的 转 录 因 子 是 什 么 ？ 是 否 真 与 基 因 表 达 存 在 正 相 关 性 ？ 1 0 . 基 因 在 肿 瘤 与 正 常 组 织 中 是 否 存 在 R N A 编 辑 的 异 同 ？ 1 1 . 基 因 的 表 达 能 否 预 测 免 疫 治 疗 的 反 应 ？ 新 抗 原 可 能 诱 导 免 疫 浸 润 从 而 提 高 免 疫 治 疗 的 反 应 ， 基 因 的 表 达 与 新 抗 原 的 数 量 是 否 存 在 联 系 ？ 1 2 . 基 因 的 表 达 与 化 疗 耐 药 是 否 存 在 潜 在 联 系 ？ 1 3 . 基 因 的 表 达 失 调 效 应 如 何 补 偿 ？ 哪 些 潜 在 的 小 分 子 或 药 物 可 以 纠 正 ？ 1 4 . 基 因 在 泛 癌 中 有 哪 些 一 致 性 或 异 质 性 ？ C o n t a c t : 单 位 ： B i o i n f o r m a t i c s R & D D e p a r t m e n t , H e f e i G u a n g R e B i o t e c h n o l o g y C o . , L t d , H e f e i , C h i n a 公 众 号 ： 光 热 生 物 / 光 热 生 物 S C I Y u y a o L i u : a h m u l y y @ 1 6 3 . c o m 微 信 ： b i o i n f o r m a t i c s b o y 合 作 单 位 : 安 徽 医 科 大 学 第 一 附 属 医 院 皮 肤 性 病 科 D o c t o r X u e h a o Z h a n g : 2 1 5 6 7 2 0 6 2 @ q q . c o m S p a r k l e v 1 . 0 | © 2 0 2 4 | B i o i n f o r m a t i c s R & D D e p a r t m e n t , H e f e i G u a n g R e B i o t e c h n o l o g y C o . , L t d | 本 数 据 库 原 始 数 据 获 取 地 址 | 皖 I C P 备 2 0 2 3 0 1 1 0 5 7 号 1 | 皖 公 网 安 备 3 4 1 1 8 1 0 2 0 0 0 9 0 9 号 | 访 客 数 ： 👦 M o d u l e s e x p l o r i n g t h e a s s o c i a t i o n b e t w e e n M u l t i O m i c s c h a n g e s a n d c l i n i c a l o u t c o m e i n T C G A , G E O , H P A , 1 0 x , T I S C H , D e p M a p , T I M E 2 . 0 , T C P A a n d T C M A : 免 疫 组 化 表 达 景 观 功 能 基 因 c o m P P I 表 达 差 异 T C G A G T E x 表 达 验 证 分 子 亚 型 卡 方 检 验 泛 筛 相 关 性 表 达 相 关 性 m i R N A 相 关 性 生 存 分 析 生 存 状 态 生 存 荟 萃 生 存 验 证 独 立 预 后 分 析 限 制 性 立 方 样 条 法 生 存 组 合 G S E A H a l l m a r k G S E A K E G G G S E A S i n g l e G S E A M u l t i p l e G S V A s c o r e W G C N A 化 学 治 疗 岭 回 归 预 测 药 敏 靶 向 治 疗 免 疫 治 疗 免 疫 评 分 免 疫 反 应 与 基 因 组 状 态 肿 瘤 免 疫 微 环 境 染 色 质 可 及 性 T C P A R P P A C P T A C M S C R I S P R C a s 9 突 变 位 点 突 变 与 生 存 突 变 与 表 达 突 变 与 功 能 突 变 与 基 因 集 突 变 与 微 环 境 突 变 与 药 敏 拷 贝 数 变 异 生 物 学 年 龄 P r o m o t e r 甲 基 化 R N A 编 辑 瘤 内 微 生 态 R 包 调 用 测 试 按 钮 G O & K E G G G S E A s s G S E A s s G S E A 差 异 s s G S E A 生 存 k m u n i C o x 森 林 图 W i l c o x o n 箱 线 图 永 久 用 户 一 键 获 取 每 一 个 肿 瘤 阳 性 结 果 基 因 泛 消 化 道 肿 瘤 泛 癌 单 基 因 泛 癌 多 基 因 提 取 差 异 分 析 配 对 差 异 T C G A G T E x 差 异 启 动 子 甲 基 化 A T A C s e q 突 变 频 率 C N V 比 例 C N V m R N A u n i C o x 生 存 分 析 P a n C a n c e r G S V A 泛 癌 单 细 胞 s c U M A P 定 位 s c 表 达 差 异 K s c 表 达 差 异 W s c 细 胞 比 例 s c 细 胞 通 路 s c 表 达 相 关 s c 细 胞 通 讯 s c G e n e & C e l l & F i n e s c G e n e & C e l l & M a i n s c G e n e & G e n e 单 细 胞 A U C e l l 空 间 转 录 组 V i s i u m V i s i u m 空 转 A U C e l l 生 存 过 滤 : U n i C o x 表 达 过 滤 : W i l c o x o n 单 细 胞 过 滤 : W i l c o x o n 表 达 过 滤 : B o r u t a 表 达 过 滤 : L a s s o 表 达 过 滤 : S V M 表 达 过 滤 : R a n d o m f o r e s t 表 达 过 滤 : x g b o o s t 表 达 过 滤 : M u l t i A l g o r i t h m s 共 识 聚 类 构 建 预 后 模 型 生 存 R O C 曲 线 生 存 校 准 曲 线 高 低 风 险 通 路 高 低 风 险 微 环 境 共 定 位 孟 德 尔 随 机 化 常 规 孟 德 尔 随 机 化 放 宽 H u m a n 2 M o u s e M o u s e 2 H u m a n E N S E M B L 2 S Y M B O L E N T R E Z I D 2 S Y M B O L G E O C l i n i c a l M a t r i x 照 片 换 底 色 检 索 泛 癌 文 献 检 索 风 险 模 型 文 献 注 意 事 项 ： 基 因 名 务 必 全 都 大 写 ， 点 击 可 进 入 G e n e C a r d 数 据 库 检 查 基 因 名 ， 点 击 可 查 看 肿 瘤 简 写 是 否 正 确 。 点 击 可 查 看 药 物 名 称 与 列 表 。 点 击 可 查 看 T I S C H 2 单 细 胞 数 据 集 I D 。 点 击 可 查 看 T I S C H 2 精 细 注 释 列 表 。 点 击 可 查 看 T I S C H 2 主 要 注 释 列 表 。 点 击 可 查 看 T C P A 蛋 白 I D 对 应 的 基 因 。 点 击 可 进 入 O p e n G W A S 查 询 G W A S I D 。 点 击 可 进 入 上 传 f a s t a 文 件 进 行 M o t i f 的 地 址 。 基 因 名 与 肿 瘤 简 写 务 必 规 范 输 入 ， 否 则 一 定 会 运 行 失 败 。 E x e c u t i o n 意 味 运 行 失 败 ， 要 么 输 入 错 误 要 么 没 有 数 据 。 V e n n 图 在 线 网 站 | P u b m e d 查 询 文 献 | G E O 数 据 库 | C h E A 3 多 基 因 转 录 因 子 预 测 | 翻 译 助 手 输 入 示 例 ： M K I 6 7 提 交 分 析 结 果 ： 提 示 信 息 × 消 息 主 体 确 定

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